Tal y como se indica en la Wikipedia: la folcsonomía es una indización social, es decir, la clasificación colaborativa por medio de etiquetas simples en un espacio de nombres llano, sin jerarquías ni relaciones de parentesco predeterminadas. Estos significa que las folcsonomías consisten en que personas sin ninguna relación entre si escriben sobre una misma materia. Algunos ejemplos de folsconomías son: del.icio.us (enlaces favoritos) y 43 Things (deseos).
Por otra parte las taxonomías son jerarquizaciones formales que guardan un parentesco entre si realizadas por expertos en la materia. Por ello, las taxonomías son utilizadas en la clasificación de los seres vivos.
Referecnias:
http://es.wikipedia.org/wiki/Folcsonom%C3%ADa